С Windows на Linux FlexHub переносится без проблем со всеми настройками и аккаунтами, но при переносе с Linux на Windows есть одна деталь.
Когда все папки и файлы перенесены на Windows, перед запуском FlexHub.exe необходимо удалить в папке lib все файлы с расширением *.so, иначе будет вылетать ошибка "файл не предназначен для выполнения под управлением Windows или содержит ошибку" и "ERROR: error loading module 'wx' from file './lib/wx.so': %1 не является приложением win32" и хаб не запустится.
Но все-таки лучше для каждой системы скачивать нужный архив в разделе Downloads форума и переносить только папку Settings.