Работа многих хабов показала, что FlexHub очень стабильно работает на всех системах, не зависимо от разрядности.
Я лично держал свой первый Flex на Windows-x64, затем перевел все на Ubuntu и ни разу не было сбоев сервера по вине FlexHub.
Возможен запуск на линукс х86+х64 системах, но не чисто х64.
Поэтому выбор пока остановлен на 32-разрядной версии.
С уважением,
sergius_s