Похоже, что файл Hub-Accounts.ini может быть поврежден или потерян при рестарте сервера, если перед рестартом не остановить и не закрыть хаб вручную.
Лично у меня такого не было ни разу(на Ubuntu и Windows), но у одного поляка такое произошло на Mac-е.
Во время сохранения ini-файла операционная система может убить процесс, что приведет к повреждению файла. При следующем запуске FlexHub найдет ошибку в ini-файле и сбросит его полностью.
Мы работаем над решением этой проблемы, но на данный момент лучший совет - делать резервные копии хаба регулярно и перед рестартом сервера останавливать и закрывать программу FlexHub вручную.